Podem ser causadas por novas infecções produzidas por bactérias fora das vias urinárias (reinfecção).

Podem ser causadas pela persistência bacteriana, quando ocorre a reemergência dos mesmos microrganismos de um local dentro das vias urinárias.

A persistência bacteriana pode ocorrer devido a alguma patologia urológica passível de tratamento cirúrgico, como cálculos renais infecciosos, estenose ureteral com hidronefrose.

Pacientes que apresentam reinfecção, normalmente, apresentam o mesmo microrganismo ou tal infecção ocorre a intervalos curtos. Raramente estão associadas à colonização ascendente pela flora intestinal.