A maioria das contaminações pós-operatórias é causada pela cirurgia, mesmo se seguindo todas as técnicas de assepsia e esterilização, sendo as bactérias endógenas (presentes no próprio animal), baixa quantidade de contaminação da ferida cirúrgica.

Uso de álcool etílico 70% age de maneira antisséptica pela alquilação das proteínas e ácidos nucléicos das bactérias.

Para uma preparação estéril do local a cirurgia, recomenda-se que a área seja depilada e a assepsia feita do centro para a periferia do local, utilizando, por exemplo: álcool e iodo-polvidona.

Cirurgias esofágicas são um dos poucos procedimentos que não precisam de antibióticos profiláticos.