Deve ser dada atenção especial ao transporte de animais geneticamente modificados, que deve atender às exigências da Comissão Interna de Biossegurança (CIBio) e, quando necessário, da Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio).

Deve ser dada especial atenção ao transporte externo (de um estabelecimento para outro) frente ao transporte interno (dentro das diferentes áreas de uma unidade).

Um plano básico de transporte bem elaborado garante um tempo mínimo de transporte, sem necessidade de estar pendente da qualidade da comunicação entre a pessoa que despacha e a que recebe os animais.

Apenas o veterinário responsável pelo biotério deve estar, obrigatoriamente, ciente das regulamentações específicas para o transporte de animais.

A extensão do estresse em um animal durante o transporte não depende de sua espécie, sexo, idade, saúde e do número de animais que viajam juntos.