A coledocoscopia transpapilar, constitui-se de um endoscópio bastante fino, passado pelo canal de trabalho do duodenoscópio com a finalidade diagnóstica somente, uma vez que não permitem a introdução de cateteres por eles. Sendo muito útil em casos de dúvidas diagnóstica entre uma lesão maligna ou benigna, não definida pelos exames de imagem.

A hemorragia após a papilotomia é uma temível complicação, que ocorre em cerca de 20% dos procedimentos, normalmente com evolução desfavorável, devendo-se indicar a cirurgia precocemente após a esclerose local.

A perfuração no local da papilotomia deve ser tratada cirurgicamente assim que diagnosticada no exame de imagem, uma vez que a infecção no retroperitônio é sempre grave e na sua maioria fatal.

Em papila duodenal de difícil cateterismo, com diversas canulações do ducto de Wirsung, a passagem de prótese pancreática tem sido efetiva na prevenção de pancreatite aguda pós-papilotomia.