Em 2009, o Programa Nacional de Controle da Tuberculose juntamente com o seu comitê técnico assessor revisou o sistema de tratamento da TB no Brasil. Com base nos resultados preliminares do II Inquérito Nacional de Resistência aos Medicamentos antiTB, que mostraram aumento da resistência primária à isoniazida (de 4,4% para 6,0%), introduziram a levofloxacina como quarto fármaco na fase intensiva de tratamento (dois primeiros meses) do Esquema básico.

A atenção especial deve ser dada ao tratamento dos grupos considerados de alto risco para toxicidade, constituído-se por pessoas com mais de 60 anos, em mau estado geral, alcoolistas, infectadas por HIV, em uso concomitante de medicamentos anticonvulsivantes e pessoas que manifestem alterações hepáticas

A rifampicina interfere na ação dos contraceptivos orais, devendo as mulheres em uso deste medicamento receberem orientação para utilizar outros métodos anticoncepcionais.

O tratamento para caso suspeito de tuberculose sem comprovação bacteriológica pode ser iniciado por diagnóstico de probabilidade, após tentativa de tratamento inespecífico com antimicrobiano de largo espectro, sem melhora dos sintomas e após criteriosa avaliação clínica.

O paciente que retorna ao sistema após abandono, deve ter sua doença confirmada por nova investigação diagnóstica por baciloscopia, devendo ser solicitada cultura, identificação e teste de sensibilidade, antes da reintrodução do tratamento antiTB básico.