O tratamento é composto de três fases: estabilização, reabilitação e acompanhamento.

A hipoglicemia deve ser tratada imediatamente, mesmo que ainda sem confirmação laboratorial.

O edema de desnutrição nunca deve ser tratado com diurético.

A suplementação com ferro corrige sua deficiência e melhora a cognição e o crescimento da criança, devendo ser iniciada logo na fase de estabilização inicial.

São comuns infecções sem sinais clínicos evidentes, tais como febre, inflamação e dispneia, portanto presume-se que todas as crianças com desnutrição grave tenham infecção e devem receber antibioticoterapia desde o início do internamento.