O manejo inadequado dos dejetos pode aumentar os prejuízos ao meio ambiente, muito embora existam técnicas e processos de manejo para os dejetos produzidos por esta atividade, que minimizam os impactos negativos ao meio ambiente.

Para os produtores cujos animais geram grande quantidade de dejetos, a opção recomendada é o bíodigestor para a produção de biogás, podendo este ser utilizado para geração de energia elétrica, que pode ser usufruída na propriedade e/ou vendida para uma companhia de energia elétrica, e os resíduos usados como fertilizantes para a lavoura.

O uso de compostagem para o tratamento de dejetos de suínos no Brasil vem sendo uma alternativa empregada principalmente em regiões de produção intensiva, gerando um composto orgânico estabilizado que pode ser utilizado como fertilizante orgânico.

O carbono não é considerado um poluente quando aplicado ao solo, assim como, o nitrogênio, fosforo e potássio. Por serem nutrientes altamente demandados pelas culturas agrícolas, devem ser aplicados em grandes quantidades, sendo uma das vantagens dos dejetos suínos.

O tratamento adequado de dejetos contribui para a redução da emissão de metano, que representa o equacionamento de um problema ambiental e possibilita um aumento na renda dos agricultores.