O período de incubação intrínseco, que ocorre no ser humano, é em média de 3 a 7 dias (podendo variar de 1 a 12 dias). E o período de viremia no ser humano pode perdurar por até trinta dias e, geralmente, inicia-se dois dias antes da apresentação dos sintomas, podendo perdurar por mais oito dias.

Outras manifestações descritas durante a fase crônica são: fadiga, cefaleia, prurido, alopecia, exantema, bursite, tenossinovite, disestesias, parestesias, dor neuropática, fenômeno de Raynaud, alterações cerebelares, distúrbios do sono, alterações da memória, déficit de atenção, alterações do humor, turvação visual e depressão. Esta fase pode durar até três anos.

O vírus pode afetar pessoas de qualquer idade ou sexo, mas os sinais e sintomas tendem a ser menos intensos em crianças e idosos. Além disso, pessoas com doenças crônicas têm mais chance de desenvolver formas graves da doença.

A poliartralgia tem sido descrita em mais de 90% dos pacientes com Chikungunya na fase aguda. A dor articular acomete somente grandes articulações, normalmente, é poliarticular, simétrica, mas pode haver assimetria.