Alguns dos microrganismos encontrados no solo podem agir como patógenos, por exemplo:
| Microrganismo | Algumas características | Efeito |
| Bacillus anthracis | G (+), aeróbico, bastonete esporulante | Antraz |
| Clostridium botulinum | G (+), anaeróbico, bastonete esporulante | Botulismo |
| Clostridium perfringens | G (+), anaeróbico, bastonete esporulante | Gangrena gasosa |
| Clostridium tetani | G (+), anaeróbico, bastonete esporulante | Tétano |
| Pseudomonas aeruginosa | G (-), aeróbico, bast. não-esporulante | Infecções |
| Aspergillus fumigatus | Deuteromiceto, filamentoso, septado | Pulmões, micoses |
| Aspergillus flavus | Deuteromiceto, filamentoso, septado | Aflatoxina |
Apesar disso, esses microrganismos podem desempenhar efeitos benéficos importantes para o solo e o ecossistema onde vivem, exceto:
