Uma vez que um sítio FTP for criado, é possível gerenciá-lo de maneira muito semelhante como se gerencia um sítio web. Entre outras, algumas configurações do sítio FTP são identificação, conexões e ativação do log. A configuração das conexões serve para limitar a quantidade de conexões simultâneas a que o sítio dará suporte e o tempo, em segundos, que uma conexão poderá permanecer ociosa antes de seu encerramento forçado.