Os equipamentos e utensílios devem ser mantidos limpos, desinfetados, esterilizados e guardados em local apropriado.

Os produtos usados na limpeza e sanitização podem, em raros casos, contaminar, com substâncias tóxicas, químicas, voláteis e corrosivas, as instalações e os equipamentos de preparação.

É permitida à farmácia a manipulação de saneantes domissanitários para consumo próprio, em sala apropriada, levando-se em consideração o risco de cada matéria-prima utilizada e desde que atendidas as disposições constantes nas BPMF.

Os procedimentos operacionais de limpeza e sanitização das áreas, instalações, equipamentos e materiais não devem estar disponíveis e de fácil acesso ao pessoal responsável e operacional, devendo estar sob guarda da garantia da qualidade.