O PPRA deverá conter, no mínimo, a seguinte estrutura: planejamento anual com estabelecimento de metas; prioridades e cronograma; estratégia e metodologia de ação; forma de registro, manutenção e divulgação dos dados; periodicidade; e forma de avaliação do desenvolvimento do programa.

Durante a fase de desenvolvimento, o PPRA deverá incluir as seguintes etapas: antecipação e reconhecimentos dos riscos; estabelecimento de prioridades e metas de avaliação e controle; avaliação dos riscos e da exposição dos trabalhadores; implantação de medidas de controle e avaliação de sua eficiência; monitoramento da exposição aos riscos e registro; e divulgação dos dados.

As ações do PPRA devem ser desenvolvidas no âmbito de cada estabelecimento da empresa, sob a responsabilidade do empregador, com a participação dos trabalhadores, sendo sua abrangência e profundidade dependentes das características dos riscos e das necessidades de controle.

O empregador ou instituição deve manter um registro estruturado de dados, de forma a constituir um histórico técnico e administrativo do desenvolvimento do PPRA. Esse registro deve ser armazenado por um período mínimo de 20 anos.

A NR 9 estabelece os parâmetros máximos e diretrizes gerais a serem observados na execução do PPRA, sendo vedadas alterações decorrentes de negociações coletivas de trabalho.