Mandato fixo e estabilidade para os dirigentes, que somente perderão o mandato em caso de renúncia, de condenação judicial transitada em julgado ou de processo disciplinar, são traços específicos das agências reguladoras.

As agências executivas, assim como as reguladoras, têm a função precípua de exercer controle sobre particulares prestadores de serviços públicos, mas destas se diferenciam porque têm, também, por encargo a execução efetiva de determinadas atividades administrativas típicas de Estado.

O regime jurídico dos trabalhadores das agências reguladoras é o de emprego público, regulado pela CLT.

A qualificação como agência executiva de autarquia ou fundação que tenha celebrado contrato de gestão com o ministério supervisor somente pode ser efetivada por lei de iniciativa do presidente da República.

A agência executiva, como autarquia de regime especial, deve ser instituída por ato normativo do chefe do Poder Executivo. Nesse ato, devem ser definidas a organização, as competências e a função controladora que a agência exercerá sobre os particulares prestadores de serviços públicos.