Em geral, métodos de alinhamentos globais são muito mais eficientes que alinhamentos locais para identificar pequenas regiões com alta similaridade dentro de sequências de DNA longas.

Uma mudança de nucleotídeo é considerada sinônima se leva a mudança de um códon para um aminoácido diferente.

Uma transição ocorre quando uma base nitrogenada purina é substituída por uma pirimidina.

Em relação a sequências de DNA, seleção positiva se refere à seleção em favor de substituições sinônimas. Neste caso, espera-se que a distância evolutiva baseada em substituições sinônimas seja maior que a de substituições não sinônimas.

Nos últimos anos, a filogenômica tem contribuído para a construção e confirmação de relações evolutivas entre grupos de seres vivos.