O diagnóstico da intolerância à lactose é baseado exclusivamente na história clínica do paciente, com a descrição dos sintomas após a ingestão de leite e seus derivados.

O teste de tolerância à lactose, que consiste na dosagem da glicemia após a ingestão de lactose, é o padrão-ouro para o diagnóstico da intolerância à lactose.

O teste de hidrogênio expirado, que mede a quantidade de hidrogênio no ar expirado após a ingestão de lactose, é um método não invasivo e confiável para o diagnóstico da intolerância à lactose.

A biópsia intestinal, com análise da atividade da enzima lactase, é um exame essencial para o diagnóstico da intolerância à lactose em todos os casos.

O diagnóstico da intolerância à lactose é frequentemente confirmado pela presença de anticorpos específicos contra a lactose no sangue do paciente.