A depender do parâmetro a ser analisado, devem ser adotados procedimentos específicos, como o uso de preservantes, homogeneização da amostra ou retirada total do ar em contato com a amostra.

Para a amostragem manual, o frasco de coleta deve ser imergido no corpo de água, inclinado e com a boca posicionada a favor da direção da corrente.

Os amostradores podem tocar o fundo do corpo de água ao realizar uma coleta, uma vez que o revolvimento e consequente coleta de parte do sedimento não irá interferir nos resultados dos parâmetros de interesse.