Na infecção por Chikungunya, a febre quase nunca está presente, mas a hemorragia de mucosas é muito comum.

Na Dengue, o exantema se manifesta junto com a febre, ao contrário do que ocorre no Chikungunya, em que o exantema ocorre apenas em torno do quinto dia após o início dos sintomas.

As alterações hematológicas causadas pelo vírus Zika são similares as alterações observadas na Dengue, principalmente a plaquetopenia.

Tanto o vírus Zika quanto o vírus Chikungunya levam à artrite intensa, podendo causar deformidades articulares incapacitantes.

O rash cutâneo e a hiperemia conjuntival é mais marcante na Zika do que a febre, que quase nunca está presente.