A política econômica de seu antecessor possibilitou a Alves dispor de recursos, que foram aplicados na reurbanização da capital.

Deu-se início à Construção da avenida Central, com postes de iluminação elétrica em estilo Francês, que substituíam os antigos lampiões a gás, e vias largas, tornando-se o símbolo do novo Brasil, sob a ação do prefeito do Rio de Janeiro, Pinheiro Machados.

Na política externa, o governo de Rodrigues Alves empreendeu o processo de anexação do território do Acre, que para conseguir anexar a região ao território nacional, firmou um acordo onde se comprometia a pagar uma indenização de dois milhões de libras esterlinas à Bolívia e construir a Ferrovia Madeira-Mamoré.

Rodrigo Alves se opôs ao Convênio do Taubaté, por considerá-lo oneroso aos cofres públicos e uma intervenção do governo no mercado de café.

Chegou ao cargo em 15 de novembro de 1902 pelo partido republicano paulista, graças à articulação estabelecida pela chamada política dos governadores. Sendo, o novo presidente, mais um componente integrante das oligarquias cafeeiras.