Em relação aos SNPs, a principal vantagem dos marcadores microssatélites é devido à pequena variabilidade que este tipo de marcador exibe.

Geralmente um locus do tipo SNP é unialélico, podendo conter três ou no máximo até quatro alelos, um problema devido ao pequeno poder de discriminação, sendo necessário um vasto número de locus existentes a serem analisados.

Os marcadores microssatélites variam em um locus numa quantidade de 7 a 30 alelos em função do número em que a unidade de repetição é encontrada ao longo daquela região do DNA, obtendo dessa forma um pequeno poder discriminatório por locus.

Devido ao curto tamanho, as regiões STR podem ser analisadas com maior chance de sucesso já que as modificações sofridas pelos tecidos em degradação não afetam a estabilidade destes marcadores, sendo isso crucial para a segurança e confiabilidade destas análises.

Novos marcadores polimórficos baseados na substituição de nucleotídeos únicos (SNPs) e os polimorfismos de inserção-deleção de um ou mais nucleotídeos (Indels), apresentam grande desvantagem, pois podem ser estudados em produtos de amplificação muito curtos, cerca de 50pb ou menos.