A microscopia de força atômica permite investigação tanto de materiais condutores, como de materiais isolantes, pois esse equipamento não utiliza corrente de tunelamento para a formação das imagens.

A microscopia de força atômica permite a avaliação da ultraestrutura das organelas citoplasmáticas com maior resolução, incluindo transporte de íons entre as bicamadas membranosas.

A microscopia de força atômica, melhor que a microscopia confocal a laser, permite avaliar as interações entre antígeno-anticorpo nas reações imunocitoquímicas simples e de dupla marcações.

A microscopia de força atômica, melhor que a microscopia de polarização, permite avaliar os fenômenos de dicroísmo linear e dicroísmo circular dos biopolímeros.

A microscopia de força atômica, melhor que a microscopia eletrônica de varredura, permite avaliar a superfície das macromoléculas nas células e suas interações com a matriz interna citoplasmática.