Uma vez fixado, o fragmento de tecido deve ser acondicionado em cassetes identificados e submetido ao chamado processamento histológico, que compreende três etapas: desidratação, diafanização e impregnação.

A desidratação, em bateria com concentração crescente de alcoóis (80°, 90°, 100°), corresponde ao processo de retirada total de água do tecido, necessária para as etapas seguintes.

No momento do corte histológico, é necessário preservar a estrutura do tecido com solução salina hipertônica no banho histológico.

É necessário manter a arquitetura tecidual; isso é feito substituindo os espaços vazios deixados pela retirada da água por misturas de parafina a temperaturas em torno de 58° C e 60° C. Esse processo é conhecido como impregnação.

Sabendo da propriedade do álcool de não ser miscível com a parafina, utiliza-se o xilol como meio de transição entre álcool e parafina. O xilol também tem a propriedade de clarificar o tecido, fenômeno chamado de diafanização.