É alimentado pela notificação e investigação de casos de doenças e agravos que constam da lista nacional de doenças de notificação compulsória.

O SINAN é um sistema para coleta, transmissão e disseminação de dados gerados rotineiramente pelo Sistema de Vigilância Epidemiológica do Brasil, no entanto, não identifica casos de trabalho infantil, já que acidentes de trabalho com crianças e adolescentes não são informados por instituições médicas às Secretarias Municipais de Saúde.

A maioria das notificações é digitada nas Secretarias de Saúde dos municípios.

Além da Ficha Individual de Notificação (FIN) e da Notificação Negativa, o SINAN disponibiliza também a Ficha Individual de Investigação (FII) que é um instrumento investigativo que identifica: a fonte de infecção, as formas de transmissão da doença e a confirmação ou descarte da suspeita da mesma.

Casos suspeitos ou confirmados de intoxicação por inseticidas em Agentes de Combate às Endemias - ACE devem ser notificados no SINAN e informados por meio de emissão da Comunicação de Acidente de Trabalho (CAT).