Segundo a Portaria MS/GM 373/02, os municípios habilitados em gestão plena da atenção básica ampliada estarão passíveis de desabilitação quando:

I-descumprirem as responsabilidades assumidas na habilitação do município;

II-apresentarem situação irregular na alimentação dos Bancos de Dados Nacionais, estabelecidos como obrigatórios pelo MS, por 2 (dois) meses consecutivos ou 3 (três) meses alternados;

III-não cumprirem as metas de cobertura vacinal para avaliação da Atenção Básica;

IV- não cumprirem os demais critérios de avaliação da Atenção Básica, para manutenção da condição de gestão, pactuados na Comissão Intergestores Tripartite e publicados em regulamentação complementar a esta norma;

V-não firmarem o Pacto de Indicadores da Atenção Básica;

VI-apresentarem irregularidades que comprometam a gestão municipal, identificadas pelo componente estadual e/ou nacional do SNA.