A biopsia excisional é utilizada se a lesão é grande (> 1 cm de diâmetro), se está localizada em zona de risco ou perigosa, ou quando um diagnóstico histopatológico definitivo (p. ex., para suspeita de lesão maligna) é necessário antes de planejar uma remoção complexa ou outro tratamento.

Devem ser realizadas biópsias em lesões pigmentadas que possuam proximidade com restaurações de amálgama, pois este pode ser tóxico aos tecidos moles.

O espécime não deve ser colocado em papel ou faixas de linho e secar ao ar livre enquanto a cirurgia está sendo concluída. Pelo contrário, deve ser imediatamente colocado em um frasco de vidro ou plástico que contém uma quantidade de solução de formalina a 10% (formaldeído a 4%) equivalente a pelo menos 5 vezes o volume do espécime e que possa ser tampado.

Lesões intraósseas com bordas bem definidas, escleróticas e que estejam em regressão no acompanhamento radiográfico são indicações de biopsia.