A dislipidemia causada pelo esquema antirretroviral é tipicamente mista, semelhante ao padrão de resistência insulínica, com aumento de triglicerídeo, diminuição do HDL e aumento do VLDL e LDL (diminuição do clearence do VLDL).

Incidência de diabetes tipo 2 nos pacientes com HIV pode chegar a 4 vezes maior que na população geral.

O tenofovir está associado à perda de massa óssea, por vários motivos, incluindo desenvolvimento de Síndrome de Fanconi nos indivíduos com HIV.

A perda de massa óssea está associada mais ao uso dos inibidores de transcriptase reversa não nucleosídeos que aos inibidores de protease.

As alterações metabólicas ligadas à terapia antiretroviral estão associadas ao aumento de eventos cardiovasculares, com maior número de infarto, segundo o estudo DAD.