Micróbios são utilizados para desintoxicar ou degradar poluentes. Derramamentos de petróleo de navios naufragados e acidentes de perfuração representam alguns dos exemplos mais dramáticos de poluição química. O método utilizado pode fazer uso de microrganismos selecionados para se desenvolver em certos poluentes ou de certas bactérias geneticamente modificadas que são especialmente adaptadas para metabolizar os produtos de petróleo. A técnica mencionada e a adição desses micróbios especializados são chamadas, respectivamente, de: