O vírus dessa febre é o protótipo do gênero Flavivírus da família Flaviviridae, o genoma é constituído por uma única molécula de RNA de fita simples.

Seu ciclo silvestre envolve primatas não humanos e mosquitos Aedes aegypti da floresta, principalmente aqueles que vivem na copa das árvores e se reproduzem em buracos no tronco de árvores.

A técnica mais usada no diagnóstico sorológico, na fase aguda da doença, é a imunoenzimática (Mac-ELISA) para detecção de anticorpos IgM contra o vírus. Os anticorpos IgM desaparecem em aproximadamente dois meses após o surgimento da doença.

A vacina YF-17D é de vírus atenuado, altamente imunogênica, segura e efetiva. A proteção conferida pela vacina é próxima a 100%. Anticorpos contra o vírus da febre amarela aparecerão aproximadamente 10 dias após a imunização em 95% dos vacinados.

Visando à prevenção urbana, o programa de controle do Aedes aegypti nas cidades deve reduzir o índice de infestação domiciliar (índice de Breteau) a valores abaixo de 5%.