Em prematuros, está mais relacionada à hipercalcemia isolada, sendo rara a associação com hiperfosfatúria ou alterações no pH urinário.

O uso de diuréticos de alça pode levar à nefrocalcinose por reduzir a excreção urinária de cálcio, efeito que é mais acentuado em neonatos devido à maior depuração plasmática da droga.

A hipocitratúria não tem papel relevante na formação de cálculos, já que o citrato não participa de interações significativas com o cálcio urinário.

Síndromes genéticas como Barttere acidoses tubulares distais podem predispor à nefrocalcinose por mecanismos que envolvem distúrbios da reabsorção tubular de cálcio e acidose metabólica.

Hipomagnesemia primária familiar é uma condição autossômica recessiva rara com perda renal de potássio. As manifestações clínicas incluem nefrocalcinose, insuficiência renal progressiva e alterações oculares.