Os efeitos colaterais gastrointestinais e sexuais são a principal causa de abandono de tratamento precoce com os ISRS. Contudo, esses efeitos tendem a reduzir após as primeiras 2 a 4 semanas de tratamento.

Sintomas de descontinuação (parestesia, náusea e cefaleia) são mais comumente associados ao uso de paroxetina, fluvoxamina e sertralina. Eles ocorrem de 1 a 7 dias após a suspensão abrupta dos fármacos.

Podem interagir com aumento dos níveis séricos de carbamazepina e fenobarbital (ISRS em geral), dos antidepressivos tricíclicos (paroxetina e fluoxetina), do haloperidol e da clozapina (fluvoxamina).

Os ISRS aumentam a transcrição de fatores neurotróficos, incluindo o BDNF, contribuindo para o aumento da sinaptogênses, neurogênese e da resiliência neuronal.

As doses dos ISRS para o tratamento do TOC são usualmente maiores do que as doses necessárias para o tratamento da depressão, e a latência para a resposta tende a ser maior.