Naegleria fowleri causa meningoencefalite aguda, que pode atingir banhistas jovens, sem problemas prévios de saúde.

Acanthamoeba sp. apresenta formas flageladas, o que explica o maior número de casos humanos provocados por essas amebas.

Os trofozoítos ativos de Acanthamoeba sp. movem-se ativamente na água e, ao entrarem em contato com a mucosa nasal, atingem o sistema nervoso central, causando encefalite granulomatosa em pacientes hígidos.

Naegleria fowleri é relatada como agente etiológico de encefalite, pneumonia e ainda de ceratite em pessoas que usam lentes de contato.

Espécies dos gêneros Valkampfia e Hartmanella são as mais encontradas nas encefalites crônicas em pacientes imunocomprometidos.