O risco de introdução indesejável de micro-organismos nas unidades experimentais é muito maior do que nas unidades de criação, devido à necessidade de acesso de novos animais, materiais de experimentação e pessoas nas instalações experimentais.

Os fungos podem produzir esporos, e sua destruição depende da inativação dos seus sistemas enzimáticos. Esses esporos são altamente resistentes ao calor, sobrevivendo ao calor úmido de 80°C.

Materiais biológicos, como tumores, linhagens de células e anticorpos monoclonais, devem ser considerados contaminantes, e os animais de experimentação devem ser mantidos em isolamento.

Deve ser mantido um controle rigoroso de insetos e roedores selvagens, pois eles representam uma fonte de contaminação em potencial.