A custódia e liquidação das operações com títulos públicos federais podem ser feitas tanto no SELIC, quanto na CETIP, cabendo às partes envolvidas no negócio realizar a escolha do sistema a ser utilizado.

Os títulos negociados no SELIC são escriturais, o que praticamente elimina os riscos relativos a extravio, roubo ou falsificação dos papéis negociados naquele sistema.

A liquidação das operações realizadas na CETIP são feitas exclusivamente pela Centralizadora de Compensação de Cheques e Outros Papéis.

Somente instituições com conta de reserva bancária junto ao Banco Central do Brasil podem registrar suas operações na CETIP.

A CETIP custodia e promove a liquidação tanto dos CDB (Certificados de Depósito Bancário) ao portador quanto dos CDB nominativos.