Quando não tratados adequadamente, os dejetos suínos, por exemplo, podem provocar ou agravar alguns problemas ambientais, tais como: contaminação do lençol freático e acumulação de elementos tóxicos.

Em razão das características, o manejo dos dejetos deve ser realizado de forma a minimizar os impactos ambientais e a não permitir seu uso como fertilizante nas lavouras.

O manejo dos dejetos animais pode ser feito por meio de tratamento, ou seja, consiste em colocar os dejetos em depósitos, no decorrer de determinado tempo, com o objetivo de fermentar a biomassa e reduzir os patógenos.

O manejo dos dejetos animais pode ser feito por meio do armazenamento, que, por sua vez, é um conjunto de procedimentos que tem como finalidade reaproveitar os dejetos para minimizar os riscos de poluição ambiental e potencializar o aproveitamento dos nutrientes para fins de adubação agrícola.

As principais técnicas de tratamento de dejetos costumam combinar processos físicos, químicos e biológicos.