Zoonoses são infecções transmitidas por agentes biológicos patogênicos entre animais vertebrados e o homem. Os animais devem ser considerados como fonte potencial de infecção, embora não apresentem sinais aparentes de doença.

Quanto mais eficiente, as barreiras sanitárias dos biotérios, sejam estes de Criação ou Manutenção/Experimentação, menores as chances de contaminação dos animais.

Ao manipular agentes patogênicos, em biotérios experimentais, deve-se utilizar luva simples.

O mais comum e mais sério dos contaminantes ambientais dos biotérios é a amônia, que se forma pela ação das bactérias sobre os excrementos.