Uma das complicações mais temidas da técnica é a embolização da trombina com oclusão distal ao ponto de embolização. Essa complicação se correlaciona diretamente com a força da injeção da trombina, mas não com o volume injetado.

O sucesso do tratamento do pseudoaneurisma com trombina aumenta significativamente nos pacientes com pseudoaneurisma recente e apenas uma cavidade.

Pacientes com pseudoaneurisma e hematoma infectado sobrejacente apresentam uma boa indicação para essa técnica.

As contraindicações relativas incluem pseudoaneurismas com colo maiores que 5 mm ou menores que 2 mm de extensão.

Ocasionalmente um pseudoaneurisma pode comprimir o feixe nervoso determinando sintomas neurológicos sensitivos e/ou motores. Nestes casos, a injeção com trombina é indicada pela sua facilidade e rapidez.