Os testes de amplificação de ácidos nucleicos (PCR) têm sido amplamente utilizados para o diagnóstico da tuberculose, mas possuem a desvantagem de não permitirem a detecção da resistência à rifampicina e/ou isoniazida.

A detecção microscópica de bactérias álcool-ácido resistentes em amostras clínicas é a maneira mais rápida para confirmar a doença, utilizando a coloração pelos métodos de Ziehl-Neelsen, Kinyoun ou corantes fluorescentes como auramina-rodamina.

O teste cutâneo da tuberculina apresenta maior sensibilidade e especificidade do que os ensaios in vitro de liberação de IFN-γ, principalmente em pacientes HIV positivos e aqueles que receberam a vacina BCG.

A sensibilidade dos métodos que envolvem a microscopia de álcool ácido resistência é próxima de 95% para amostras respiratórias, quando executada com habilidade pelo microscopista.

O crescimento in vitro das micobactérias requer a descontaminação prévia da amostra com HCl 1 M para eliminar bactérias de crescimento rápido. Em caldo, o crescimento das micobactérias pode ser detectado após 4 semanas e, em meios sólidos, após 2 semanas.