O controle da deglutição é realizado tanto em tronco cerebral quanto em áreas corticais.

Nos AVEs de tronco cerebral, as disfagias orofaríngeas se apresentam de forma mais grave e com pior prognóstico do que nos AVEs corticais.

A região supratentorial compreende algumas estruturas, como o tronco cerebral, o cerebelo e o IV ventrículo, e quando comprometidas podem evoluir com significativas alterações na biomecânica da deglutição

No AVE, cujo comprometimento envolve o sistema piramidal, o sujeito poderá apresentar um quadro disfágico pseudobulbar, cujos sintomas mais comuns encontrados são: fraqueza muscular, hipertonia, aumento dos reflexos, incoordenação de língua, palato e faringe.

A diminuição do reflexo de tosse, comum em alguns pacientes com AVE de tronco, pode ser decorrente de comprometimento tanto do nervo laríngeo superior interno, quanto do nervo laríngeo recorrente, que são ramos do X par craniano (vago), porém com funções diferentes.