Plantas daninhas, em geral, são potenciais hospedeiras de vírus e devem ser radicalmente eliminadas do ambiente e principalmente das proximidades da casa de vegetação.

Quando surgem ácaros em casa de vegetação todas as plantas afetadas devem ser rapidamente eliminadas, independente de sua importância, para evitar a disseminação da praga. Sulfurados têm pouca eficiência sobre eles e não compensa sua aplicação.

As doenças fúngicas necrotróficas comumente afetam a parte aérea das plantas e, em geral, comprometem o seu desenvolvimento. Um programa sistemático de uso de fungicidas em casa de vegetação deve ser adotado para evitar esse tão frequente tipo de problema.

Os insetos alados como mosca branca, membracídeos e cigarrinhas, costumam ser os mais comuns em casa de vegetação e são responsáveis pela transmissão de vírus associados a leguminosas, cucurbitáceas e solanáceas, requerendo controle com agroquímicos.

Os fungos de solo, causadores de tombamento e murchas, podem ser controlados empregando-se a autoclavagem de solo; os fungos de parte aérea, quando no início, controlam-se destacando-se as folhas afetadas ou ocasionalmente com aplicação de calda bordalesa.