O CFF tem como uma de suas atribuições eleger, até a terceira reunião ordinária de cada biênio, sua diretoria, composta de presidente, vice-presidente, secretário-geral e tesoureiro.

A responsabilidade administrativa de cada CRF cabe ao respectivo secretário-geral, inclusive a prestação de contas perante o órgão federal competente.

Consta nas atribuições dos CRFs dirimir dúvidas relativas à competência e ao âmbito das atividades profissionais farmacêuticas, com recurso de caráter não suspensivo para o CFF.

O mandato da diretoria do CFF terá a duração de dois anos, sendo seus membros eleitos mediante voto direto e secreto por maioria absoluta.

O mandato dos membros do CFF é privativo de farmacêuticos de nacionalidade brasileira, será gratuito, meramente honorífico e terá a duração de três anos.