Na fase operativa de auditoria na Assistência Ambulatorial e Hospitalar do SUS, as atividades são desenvolvidas na(s) unidade(s) onde as ações e os serviços foram realizados. Tem por finalidade aferir a adequação, a eficiência, a eficácia e os resultados, mediante a observação direta dos controles internos, fatos, dados, documentos e situações. São documentos a serem analisados na(s) Unidade(s) Auditada(s):