Em 2003, já no governo Lula, outras regulamentações e projetos foram criados. Um exame nacional foi criado em 2005. Alunos de 4ª e 8ª séries (5º e 9º anos) passaram a ser avaliados pela Prova Brasil. Outra estratégia presente nesse período foi a das escolas de tempo integral. As primeiras iniciativas foram lideradas por Darcy Ribeiro, no Rio de Janeiro e José Aristodemo Pinotti (1934-2009), em São Paulo, na década de 1980.
Essas iniciativas ficaram restritas a poucas unidades. Assim, em 2007, o MEC custeou o aumento da carga horária em 49 mil escolas, criando o Programa: