O sistema fluídico de um citômetro transporta as partículas (células humanas, por exemplo) a serem analisadas em um fluxo contínuo em direção ao ponto de interrogação do laser. Há, ainda, um outro fluido, geralmente uma solução tampão (sheath fluid), que envolve o núcleo onde passa a amostra na célula de fluxo. Na ilustração a seguir estão representadas as partes citadas.

Considerando as informações e a ilustração, sheat fluid, célula de fluxo, ponto de interrogação do laser e amostra são representados, respectivamente, pelos números