O IIS permite que o administrador de rede controle o que os usuários poderão fazer em um sítio por meio de várias formas de autenticação, entre as quais a anônima (que não requer usuário e senha), a básica (que requer usuário, senha e conta do Windows 2000 e onde o texto é criptografado), a avançada e, por último, a integrada do Windows que, para uma rede no modo composto, faz uso do protocolo NTLM e, no modo nativo, usa o Kerberos.