as amostras são preparadas em blocos de tecido incluído em resina epóxi, para serem obtidos cortes até 10 vezes mais espessos do que aqueles para microscopia óptica, resultando numa imagem em preto e branco.

a imagem resultante em microscopia eletrônica de transmissão é sempre em preto e branco devido ao balanço entre a quantidade de elétrons que interagiram com a amostra e aqueles que a atravessaram sem sensibilizar o detector.

as imagens obtidas por microscopia eletrônica de transmissão são sensibilizadas por um campo eletromagnético que pode prejudicar a retina do observador, por isso estão associadas a videocâmeras acopladas a monitores de imagem.

tanto na microscopia eletrônica de transmissão quanto na de varredura são utilizados os mesmos procedimentos para a preparação de lâminas de tecidos e órgãos.

as áreas escuras de uma micrografia eletrônica indicam a ausência da substância investigada.