O abscesso peritonsilar geralmente se localiza na região antero-inferior da loja tonsilar. A indicação de tonsilectomia nesses casos é mandatória, independente da recorrência, dado alto risco de recidiva.

A adenotonsilectomia é considerada como tratamento adjuvante em casos de má oclusão dental, em casos de hipertrofia adenotonsilar significativa.

Infecções estreptocócicas podem induzir afecções imunomediadas, como reumatismo poliarticular agudo, glomerulonefrite difusa aguda, nefropatia por IgA (de Berger) e pustulose palmoplantar. Portadores dessas afecções e tonsilite crônica podem se beneficiar da tonsilectomia.

Em pacientes com úvula bífida deve-se palpar a rafe mediana do palato mole a fim de identificar possível fissura submucosa. Nesses casos, a adenotonsilectomia deve ser cuidadosa no sentido de evitar incompetência velofaríngea.