No caso de duas subespécies de mesmo habitat originadas por isolamento geográfico, necessariamente estas terão que atuar em nichos diferentes, o que seria uma denominação de isolamento ecológico.

O isolamento completo, tais como habitats desfavoráveis, montanhosos e rios, tem sido bastante comum e é a única forma de reduzir o intercruzamento e o fluxo de genes dentro de uma população.

Devido ao isolamento físico, as ilhas muitas vezes desenvolvem uma biota endêmica e por isso oferecem uma ótima oportunidade de analisar o processo evolutivo.

A morfologia de uma espécie assim como seu comportamento podem funcionar como mecanismos de isolamento num processo evolutivo.