São regidos pela Lei nº 10.259/2001 e a eles não se aplica a Lei nº 9.099/1995, que dispõe sobre os Juizados Especiais Cíveis e Criminais da Justiça Estadual.

Compete ao Juizado Especial Cível da Justiça Federal processar, conciliar e julgar causas de competência da Justiça Federal até o valor máximo de quarenta salários mínimos, bem como executar as suas sentenças.

Autarquias e fundações federais podem ser parte no Juizado Especial Cível da Justiça Federal, como autoras, desde que a causa respeite o valor de alçada.

No foro onde estiver instalada Vara do Juizado Especial Cível da Justiça Federal, a sua competência é relativa.

Excluem-se da competência do Juizado Especial Cível da Justiça Federal as ações que tenham por objeto a anulação ou cancelamento de ato administrativo federal, salvo o de natureza previdenciária e o de lançamento fiscal.