A utilização de análises de sedimento como indicadora dos níveis de poluição de ecossistemas aquáticos tem uso restrito, pois os contaminantes lá acumulados tendem a permanecerem isolados quimicamente, não influenciando o metabolismo do sistema como um todo.

Processos de degradação de rios e lagos não tendem a afetar a qualidade da água dos aquíferos subterrâneos, pois estes, independentemente de seus contextos geomorfológicos e geológicos, estão praticamente isolados dos ambientes lóticos e lênticos.

Embora os potenciais de água subterrânea em bacias sedimentares costeiras sejam elevados, há um processo de degradação de qualidade da água desses sistemas nas áreas urbanas e metropolitanas, dada a exploração intensiva e desordenada desse recurso.

A substituição de florestas por áreas de agricultura pode gerar efeitos de longo alcance em riachos, tais como redução da produtividade das plantas desses ecossistemas e alterações nas características de seus leitos, que passam a acumular sedimentos mais grossos.

Represas em regiões tropicais estariam sujeitas à acentuada estratificação química do oxigênio, mas isto não ocorre dada a alta produtividade fitoplanctônica propiciada pelas altas taxas de luminosidade incidente sobre estes tipos de corpos d’água.