Segundo a Lei nº 8.142, de 28 de dezembro de 1990, os recursos do Fundo Nacional de Saúde (FNS) serão alocados como:

I – Despesas de custeio e de capital do Ministério da Saúde, seus órgãos e entidades, da administração direta e indireta.

II – Investimentos previstos em lei orçamentária, de iniciativa do Poder Legislativo e aprovados pelo Congresso Nacional.

III – Investimentos previstos no Plano Quinquenal do Ministério da Saúde.

IV – Cobertura das ações e serviços de saúde a serem implementados pelos Municípios, Estados e Distrito Federal.