Cada Instituto Federal é organizado em estrutura multicampi, com proposta orçamentária anual identificada para cada câmpus e a reitoria, incluindo-se pagamento de pessoal, seguridade social e benefícios aos servidores.

A administração dos Institutos Federais tem como órgão superior o Conselho Universitário, instância decisória subordinada ao Reitor.

Os Institutos Federais têm como órgão executivo a reitoria, composta por 1 (um) Reitor, 1 (um) Vice-Reitor e 8 (oito) Pró-Reitores.

Os Reitores são nomeados pelo Presidente da República, para mandato de 4 (quatro) anos, permitida uma recondução, após processo de consulta à comunidade escolar do respectivo Instituto Federal, atribuindo- se o peso de 1/3 (um terço) para manifestação do corpo docente, de 1/3 (um terço) para a manifestação dos servidores técnico-administrativos e de 1/3 (um terço) para a manifestação do corpo discente.